第二十四集
潜艇在300米的水下开始了长期航行的演练，水兵们从兴奋期，到烦躁期，再到最后的呆滞期，挑战着人的生理极限。
南克江的潜艇在水下克服了重重困难深潜了90天，郑秀竹在岸边默默为他祈祷等待了90天。
潜艇终于完成我军潜艇的有史以来最长的长航，也挑战了外军长航时间，当南克江撑着疲惫的身躯登出潜艇时，迎接他的是秀竹的深情拥抱，两个人终于揭开误会，和好如初。
谢庭群在爱情上失败了，他不甘心就这样输给南克江，当基地将南克江提任艇长的报告上报舰队时，他再次假传圣旨，给压了下来。鲁淮成坚决抵制舰队派来的关系干部，坚持南克江代理艇长的职务，一直带到正式任命到达为止。
在精选未来旗舰舰长问题上，鲁淮成别出心裁搞了个心理测试，叫秦思婷专程到中国科学院搞来一套心理测试的教材，对所有候选人进行室外高台上，边行进边回答问题，由此淘汰了一批候选人，最后只剩下陈建军和郑远海两人，他们经过较量，最终打成平手。
第二十五集
梅得贵想娶个媳妇，但需要给媒人一些钱，为此他来到东江，想找梅杏儿要钱，但又不好意思开口，为了给自己壮胆，他喝了很多酒，当见到梅杏儿时，自己已经呼呼睡去，梅杏儿将父亲扶到床上，突然听到梅得贵说的胡话，他嘟囔着说梅杏儿不是检来的，是亲生的，这引起了梅杏儿的疑惑，她看着自己的照片，觉得自己与父亲长的太不象了。
第二天梅杏儿来到鲁淮成办公室给他量血压，她要了鲁淮成失散的女儿照片，和自己小时候的照片对照，觉得长的很象，她决定到市里的妇幼医院去查她母亲去世时的挡案。终于证实她所谓的母亲是个谎言，因为她是难产而死，这进一步证实了小时候村里人说的自己是检来的传言。
于季东来找梅杏儿没见着，见到了梅得贵，他高兴的把梅得贵接到酒店为他接风，并给了梅得贵十万元的见面礼。
秀竹匆匆找到刚刚下舰的郑远海，把母亲的藏着的胃癌晚期诊断书拿给哥哥看，郑远海惊讶。他们装着若无其事地回到家里，结果许欣芳给郑远海洗衣服时，从口袋里摸出了那张诊断书，三人都相互知道了真情，许欣芳觉得有必要见见鲁淮成，向他公开一切。
鲁淮成把他们接到了自己家，为两家人团圆高兴，当得知郑远海一家住的是租来的房子，马上命令营房处，成立清房小组，给一线干部都分上房子，这样，郑远海一家终于住上了分配的住房。
许欣芳觉得自己的日子不多了，希望郑远海能把婚接了，这是她对儿子的请求，郑远海经过思考，找到了秦思婷，向她求婚，坦言是因为母亲，但会努力去爱，但遭到了秦思婷的拒绝。
第二十六集
于季东赶到基地医院，正碰上梅杏儿送梅得贵回乡，于季东不由分说把梅得贵拉到了一个豪华宾馆套间住了下来，梅得贵高兴的决定不走了，梅杏儿无奈地只能先这样将就着。
郑远海和陈建军在海上值勤，突然一架不明国际的无人侦察机在186舰上空盘旋，郑远海电告陈建军应该把它击落，陈建军回答得请示基地，郑远海觉得这是对我海军的挑衅，等基地来命令，侦察飞机早就收集完情报溜走了，他不顾政委的劝阻，毅然发射导弹击落无人侦察机，侦察机的残骸落下时，险些砸到186舰的尾部，但落水的弹片还是使两名战士受伤。
基地保卫处将郑远海关进了禁闭室，等候舰队调查组的调查处理。
姜喜子要求释放郑远海，大闹禁闭室，被郑远海呵住，姜喜子一气之下，向陈建军交上了请调报告，要求到郑远海的护卫舰上去，不愿意在一个没有骨气舰长身边工作，陈建军自尊心受到损伤，大怒。
梅杏儿来到鲁淮成的办公室请求帮助，鲁淮成沉重地告诉梅杏儿，这件事自己已经没有权利干预了。
秦思婷来到禁闭室，向郑远海展示了他们的结婚申请报告，告诉他，自己同意了求婚，愿意一辈子跟他在一起，郑远海感激地握住秦思婷的手。
许欣芳无意间得知儿子犯了大错，焦急地来到鲁淮成家，求他看在一个要走的人的份上，再给儿子一个机会吧。鲁淮成亲自赶到舰队，找到陈敬国请求先把郑远海放出禁闭室，并告之他母亲已经是胃癌晚期了。
郑远海被放出禁闭室，回到了母亲身边，大家都知道郑远海可能面临着按战士复员处理。
第二十七集
郑远海来看两个受伤的战士，遇到了梅杏儿，告诉她自己就要跟秦思婷结婚了，梅杏儿表面向他们祝福，回到房间痛哭不止。
秦思婷陪着郑远海在海边散步，她依偎在郑远海身边。郑远海希望秦思婷要知道他现在的处境，秦思婷坚定的告诉郑远海，不管他将来怎么样，她都会陪在他身边。两人静静地躺在沙滩的夜光下，昏睡中的郑远海喃喃自语我爱你，秦思婷深情地伏向他，但郑远海第二句话是，梅杏儿我爱你，秦思婷怔住了，她委屈地流出了眼泪。
舰队经过慎重研究，认定郑远海的行为是维护我领海安全的正当防卫，但不经请示擅自开炮，还伤了两名战士，给予记大过处分。郑远海回到了舰艇上，受到了全体官兵的热烈欢迎，陈建军也前来祝贺，并把姜喜子带来，说手续已经办好，姜喜子调到了588舰工作，郑远海坚决不同意，他命令谁也不准姜喜子上舰，天降大雨，姜喜子站在雨中一动不动，郑远海感动地冒雨来到姜喜子身边，两人紧紧地抱在一起。