2X01 绿色小矮人 LITTLE GREEN MEN
墨西哥丛林里的雷达收到外星文明的讯号。Mulder只身前往，险些丧命，又落得一场空。
2X02 下水道惊魂记 THE HOST
水蛭人变种惊现下水道。Mulder被赶去调查。
2X03 恐惧症 BLOOD
小镇实验农药，一个人被农药影响的人出现幻视，遵循电子仪器的显示疯狂杀人。
2X04 不能睡的人 SLEEPLESS
军方实验的对象二十几年不能睡觉，懂得了控制人的反应思维，开始报复杀人。Mulder见到了Mr. X。Alex Krycek首次出场。
2X05 第四类接触(上) DUANE BARRY
精神病院的前FBI探员声称被alien劫持过，因为不愿再次被劫持，绑架了精神病院的医生。被请来帮忙的Mulder自愿成为人质。
2X06 第四类接触(下) ASCENSION
Duane Barry逃跑并绑架了Scully，Alex Krycek原来是CSM的帮手。最后Scully在UFO出现的强光中失踪了。X档案重新开启。
2X07 三位一体 3
洛山基出现杀人取血案件，Mulder认为是吸血鬼所为，还跟其中之一Christen有了一夜情。
2X08 起死回生 ONE BREATH
Scully被悄悄送了回来，但生命垂危。Mellisa就像个灵媒。
2X09 火山口惊魂 FIREWALKER
研究火山的几个科学家纷纷死于喉咙里长出硅基孢子植物。
2X10 红色博物馆 RED MUSEUM
盛产美味牛肉的小镇的孩子们被绑架，发现的尸体上都有“he/she is one”的字样。Mulder和Scully以为是镇上的教徒所为，但其实是和alien计划有关的人体实验。
2X11 再生 EXCELSIUS DEI
老人院里闹鬼了。Mulder和Scully没看到鬼，倒是发现些让人恢复精力的小蘑菇。
2X12 剃刀杀人狂 AUBREY
几十年前的杀人狂有个后代继承了他的杀人基因，现在基因被激活了。Mulder和Scully能否阻止新的惨剧发生？
2X13 摧花狂疑云 IRRESISTIBLE
殡仪馆的遗容师是个恋物癖，他喜欢杀人取头发。这次他的目标是Scully。
2X14 巫教学校 DIE HAND DIE VERLETZT
一所学校的校董们都是异教成员。他们的信仰受到了考验，因为学校的一个老师是被派来惩罚他们的使者。
2X15 巫毒的复仇 FRESH BONES
海地难民营中有人使用巫毒术报复非人对待他们的营队军官。
2X16 殖民地球(上) COLONY
Mulder见到了自己的妹妹，但发现是克隆人。
2X17 殖民地球(下) END GAME
Scully被赏金杀手抓住，Mulder不得不用“妹妹”交换。然后他追赏金杀手追到北极，差点死在那里。
2X18 审判 FEARFUL SYMMETRY
动物园里的单身动物神秘失踪，又突然出现在大街上，而且都怀了孕。Mulder认为是alien所为。
2X19 幽灵船 DOD KALM
一艘失而复得的船似乎穿越了时间，老化严重。登船调查的Mulder和Scully也迅速变老。
2X20 斑身人 HUMBUG
畸形人组成的演出队伍中发生奇异命案。来调查的MS感觉就像在做梦。
2X21 巫童 THE CALUSARI
一个男孩被其胎死腹中的同胞兄弟灵魂附身，诡异地杀死了自己的弟弟和爸爸。Mulder见证了一场罗马尼亚式的驱魂仪式。
2X22 剖尸 F. EMASCULATA
监狱收到了一个包裹，里面装着来自热带雨林的未知致命病毒，被感染了病毒的犯人更越狱逃跑了。Mulder和Scully面临阻止病毒的扩散或让人们了解真相的两难选择。
2X23 柔光 SOFT LIGHT
一次物理科学试验彻底改变了一名科学家的身体，他的影子变成了湮灭一切的暗物质。
2X24 我们的小镇 OUR TOWN
整个小镇的人都向往长生不老，他们的办法就是吃人肉。Scully差点儿变成他们的盘中餐。
2X25 外星档案(上) ANASAZI
Mulder被下毒了，神志不清。Mulder的爸爸被Krycek谋杀了。愤怒的Mulder要杀死Krycek，被Scully开枪阻止了。他们逃到了墨西哥，却被CSM跟去，要把Mulder葬身火海。