6X01 开端 The Beginning
在电影FTF里出现的变种alien从一个基因技术研究公司的员工肚子里钻出来逃跑了。Mulder和Scully找到了Gibson，他带Mulder去找那个alien。Scully证明出Gibson可能是外星人（所有人类都可能是）。X档案现在由Spender和Fowley主管。Gibson最后又不见了。
6X02 向前冲 Drive
一个人驾车在公路上亡命奔驰，他必须不停地高速移动来防止自己的脑子炸开。Mulder上了他的车子。
6X03 百慕达惊梦 Triangle
Mulder在海上找到了二战时期神秘失踪的Queen Anne号邮轮，船上的时间还是1939年。Scully和孤枪侠为找Mulder也登上了Queen Anne号，但船上的时间是当前。Scully吻了Skinner，Mulder吻了Scully，Scully打了Mulder，Mulder对Scully说I love you。
6X04 梦境(上） Dreamland
Mulder和一个五十一区的黑衣人互换了身体，进入到对方的生活中。别人都不知道。
6X05 梦境(下) Dreamland II
他们想办法把身体又换了回来，谁也不记得发生了什么。
6X06 亲密关系 Terms Of Endearment
一个恶魔变成普通人模样到处结婚试图有一个正常的后代，他的现任妻子是个女恶魔，她一心想要有一个恶魔的后代。
6X07 雨王 The Rain King
小镇上的天气预报员一直深爱着一名女子，她的情感经历波折丰富。只是他们还不知道，她的情绪会影响当地的天气。
6X08 圣诞幽魂 How The Ghosts Stole Christmas
圣诞夜，Mulder拉着Scully来拜访一栋闹鬼的大房子。在房子里，一对几百年前在此徇情的情侣让他们经历了一次对彼此信任的考验。
6X09 心灵杀手 Tithonus
一个从死神的名册中被除去名字的摄影师，靠捕捉他人的死亡瞬间来寻求死神的重新眷顾。最终他如愿以偿，死神却对Scully背过了身体。
6X10 S.R. 819 S. R. 819
Skinner的身体被注入了纳米机器人，他的生死全由Krycek一手掌握。
6X11 父与子(上) Two Fathers
Spender的母亲没有死。她意外成了第一例成功的人类/alien混种，也就是辛迪加与殖民alien协议研究的在殖民后为其充当奴隶的人种。同时，叛军外星人的力量暂时占了上风，他们渗入了辛迪加组织，意图夺走spender的母亲。CSM要继续保护和殖民方合作同时暗地研制疫苗的计划，在对自己亲手扶植的儿子Spender失望之余，他找来Fowley帮忙。
6X12 父与子(下) One Son
辛迪加抓到了Spender的母亲和MS。Mulder了解到如果殖民方alien知道混种研究已经成功，殖民就会开始，而辛迪加故意拖延研究混种并一直隐瞒真相是为了赢得研制疫苗的时间。意识到叛军的力量已是无法阻止的，CSM等辛迪加决定把Spender的母亲交给殖民方，让殖民开始，以保存自己。但叛军先行一步，最终夺走的Spender的母亲，烧死了除CSM外的所有辛迪加成员。CSM杀死了自己的儿子Spender。
6X13 美丽新社区 Arcadia
Mulder和Scully伪装成一对夫妇来到一个秩序井然的美丽社区调查居民失踪案，发现一切是由懂远东意念术的人用泥土创造的幻人所为。
6X14 水怪 Agua Mala
佛罗里达的暴风雨把深海的一种生物带到了小城的排水系统中。这种只能在咸水中生存的生物能把人融解为水。5X15中的前X档案探员请MS来帮助解决这个问题。
6X15 星期一 Monday
Mulder每天醒来都回到同一个星期一，经历同样的事情却毫不知情。只有一个女子知道要逃离这无间地狱，必须改正一件错误的事情。
6X16 变形犬 Alpha
一名到中国寻找失落的王山犬的教授获得了变身成动物的能力，开始无法控制杀人的欲望。
6X17 穿墙人 Trevor
一名囚犯在一场风暴中意外获得了身体穿越固体的能力。他逃出了监狱，想要找回自己的儿子。
6X18 爱情小说 Milagro
暗恋Scully的小说家为了接近Scully，在小说中创作了完美的犯罪，小说中的杀手来到现实中执行了这些罪行。在了解到Scully心有所属后，小说家不知如何结尾了，而小说中的杀手告诉他应该杀死Scully。[Page]
6X19 难兄难弟 Three of A Kind
孤枪侠Byers自从1990年后就一直在寻找的那名女子现身拉斯维加斯。他们为她能摆脱阴谋和追杀，请来了Scully帮忙。
6X20 快乐人生 The Unnatural
5X15中的前X档案探员有个双胞胎兄弟，给Mulder讲了一个发生在1947年的故事，有关alien、赏金杀手、棒球，还有单纯的快乐。
6X21 田野之旅 Field Trip
北卡罗来纳州的布朗山附近长了一种蘑菇，通过释放出的孢子让人产生非常真实的幻觉，睡梦中的人却作为这些蘑菇的营养慢慢被消化了。
6X22 创世纪 Biogenesis
非洲象牙海岸发掘出了写有符号的飞船碎片，发现碎片的相关科学家纷纷被谋杀。这些碎片让Mulder脑海中听到无数声音并同痛不欲生。Scully发现碎片上的符号可能是人类的基因蓝图。Mulder被关进了精神病院。Scully来到象牙海岸，看到半埋在沙滩中的飞船。