Nothing Important Happened Today 9x-01 氯胺疑魂（上）
Doggett不顾众人的阻拦坚持调查，他开始着手调查一个环保署职员死亡的案件。
Nothing Important Happened Today II 9x-02 氯胺疑魂（下）
Doggett发现政府利用在饮用水中加入经分子改造后的氯胺的方法来制造supersoldier。
Daemonicus 9x-03 撒旦回归
一个研究撒旦的前大学教授现精神病人设计从精神病院中逃脱。
Hellbound 9x-04 地狱旅程
一百多年前死去的一个人不停地转世，用剥皮的方法杀死由那一世里四个凶手转世的人。
4-D 9x-05 镜像空间
一个人能自由地穿梭于平行宇宙，他在其中一个宇宙杀死了Monica，打伤了Doggett。
Lord of the Files 9x-06 蝇
一个男孩因遗传而具有类似苍蝇的特殊生理结构，能招来虫子。
John Doe 9x-07 心灵捕手
Doggett调查一个银行家来到墨西哥，他被清除了记忆。
Trust No 1 9x-08 信任危机
Supersoldier骗取了Scully的信任，引诱Mulder出现，想杀死Mulder。
Scully和Doggett发现磁铁矿能杀死supersoldier。
Underneath 9x-09 心魔
一个人具有双重人格，能化身为另一个人杀人。
Provenance 9x-10 天命（上）
一个FBI探员来杀死Scully的孩子，另一个崇拜UFO的组织绑架了William，企图保护他。
Providence 9x-11 天命（下）
崇拜UFO的组织绑架了William，Scully又找回了他。
Scary Monsters 9x-12 幻想成真
一个小男孩会因为恐惧而产生幻想，这些幻想出的虫子能够真的把人杀死。
Audrey Pauley 9x-13 再生情缘
一个医院的护工建造了一座医院的模型，医院中脑死亡的病人的灵魂都会停留在其中直到死去。
Improbable 9x-14 寻凶记
一个凶手依据数字命理学的计算结果来选择受害人。
Jump the Shark 9x-15 异类病毒
Lone Gunmen为了保护人们不被扩散的病毒感染而牺牲。
Release 9x-16 解开心结
Doggett重新调查自己的儿子被害的案件。
William 9x-17 母与子
怀疑是Mulder的人企图伤害William，Scully决定把William送给别人抚养。
Sunshine Days 9x-18 美丽人生（阳光灿烂的日子）
一个拥有超能力的人因为孤独而用超能力幻想出30年代电视剧中的美满家庭。
The Truth 9x-19 真相（上）
The Truth II 9x-20 真相（下）
Mulder闯入秘密军事基地而被控谋杀，众人合力帮Mulder逃脱。Mulder带Scully到新墨西哥寻找真相。
晚上，M&S在旅馆中相拥而眠。