故事始于死神界中一个无聊的死神把一本笔记遗落人间，被一个天才拾到了这本笔记。这是一本可以通过文字来决定人的生死的“死亡笔记”。
夜神月——名牌大学东应大学的高材生。这位被寄予厚望的天才却暗暗感到所谓法律的正义是有界限的。看着恶性事件的持续发生、不起诉以及未解决案件的增多、药物惯用者杀人竟被判无罪，夜神月在绝望中丢弃了《六法全书》。这个时候，一本黑色封面的笔记本突然闯进月无聊的生活里，笔记本上赫然写着“DEATH NOTE”。在写着“使用方法”的那一页上，有这样一句话：只要名字被写在上面的人都会死。月虽然不相信但还是在笔记上随手写上了从电视上看到的杀人犯的名字。没想到，第二天月竟然从报纸上得知被自己写在笔记上的男人突然在狱中身亡。“原来这本死亡笔记是真的，未来由我来主宰！”月不禁这样想道。这本笔记的主人——死神琉克突然出现在月的面前。琉克的出现并没有改变什么，月已经决定利用自己的双手制裁犯罪者，构筑理想中的纯洁的世界。
逃亡中的恶性事件罪犯、借权力得以逃脱罪名的当权者，一切应该受罚却逃脱了的人相继神秘地死去。在互联网上，出现了一个以“KIRA(基拉)”为名的“救世主”，他，到底是正义的使者还是罪孽深重的恶魔？另一方面，ICPO(国际刑警组织)为了调查这一连串的基拉事件，将另一个天才派往日本警察厅。他就是拥有超群情报收集能力以及神秘的推理能力、解开了许多世界上各种难以破解的案件的L。受到L的指示，日本警察，甚至连FBI也开始一起通缉基拉。这是一场天才与天才的对决，是一场勇者的斗争，正义的天平到底应该倾向何方？