199X世界普遍流行世纪末预言的时代，
外星人计划入侵地球，派遣了五名小组成员当先锋。
没想到原本计划攻打的部队突然撤退了，害得这五位先锋小组的成员被迫留在地球……
每个成员遭受了不同际遇：
长得像青蛙一身绿的KERORO军曹躲在日向家却轻易被姐弟俩夏美和冬树抓住。在冬树的友情感召及强烈的好奇心驱使，他开始住在日向家中成为他们的食客。一心想占领地球的军曹，不但无法达成任务，还被夏美当成佣人使唤；
反而TAMAMA二等兵却在野狗攻击时，被富家小姐所救，整天过着极尽豪华的日子……
随着军曹部下：GIRORO伍长、KURURU曹长等相继登场，日向家也陷入一片混乱中……